三个篇章三个关卡三种完全不同的游戏方式。
第一篇章「开拓篇」的游玩方式与《激龟忍者传》，也就是俗称《忍者神龟1》的游戏很是类似，是地图探索+横版过关的方式。
先是玩家操控作为主角的哆啦A梦以上帝视角在大地图上击杀敌人并寻找对应的出路，然後在遇到或直接存在或隐藏的地道入口进入。
这时候的游戏模式就会临时切换到动作冒险横版过关，获取各种可以在不同场景内的道具，这些道具有的可以即刻使用，有的则是下一篇章才能用的关键物品。
最终找到篇章BOSS「卡尔泰托矿业公司飞行器」并击杀後，就能救出搞事源头大雄。
第二篇章「魔境篇」则是直接切换成了飞行射击关卡，所操控的依旧是蓝胖子，但这次是戴着竹蜻蜓的飞行蓝胖子。
因为是强制卷轴移动的关系，以及岔路本就不多，所以省去了很多找路线的时间，不过又由於是飞行射击关卡，所以难度方面对於不同玩家而言也不一样。
而在这个篇章里要拯救的就是胖虎和小夫了，成功救出他们的时候，他们就会作为「飞行射击僚机」的形式，同样佩戴竹蜻蜓的方式加入战斗。
之前提过（80章），作为僚机的胖虎配合2P手柄的麦克风功能，就能够实现用「胖虎的歌声」一键清屏的类保险炸弹效果，熟练应用这个小技巧的话，飞行关卡的难度能降低不少。
最後只需要在相当复杂的迷宫区域中寻找，并干掉大魔境的BOSS，以巨型头像的形式存在「汪汪国胖脸狗大臣」，再触碰巨神像的心脏就能通关。
值得一提的是，有相当多的玩家直接就被第一篇章的各种需要背板的隐藏道具、隐藏地洞、隐藏任意门给折磨到了放弃游戏，而能够通过第一篇章的玩家，大多不会被第二篇章的飞行关卡难倒。
但这第三篇章「海底篇」着实是有些折磨人了。
到了第三篇章，场景切换到了水下场景，可以类比《超级马里奥兄弟》的水下关卡，玩家依旧可以操控哆啦A梦在水底自由行动，目的是拯救静香。
但，游玩形式变成了变相的探密迷宫加推箱子。
而这里的难点集中在两个部分。
一是因为身处水底，四次元口袋直接被封，导致玩家所有的道具都要手动操控拾取，且一次性最多只能拾取一个，即便是在後面获得了未来道具取物皮包]，也只能在手持该道具的前提下，额外随身携带另外两件道具。
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