令萨姆纳非常惊讶，他认为波特反对教育领域内一切现代的东西。于是，萨姆纳与波特开始了笔战，结果不分胜负。董事会由于深知萨姆纳得到了教授会和公众舆论的支持，最终拒绝他辞职，萨姆纳方面也做了部分让步。不过这件事从长远来看，其实是萨姆纳赢了，他成了其他耶鲁教授的榜样，给了他们追求真理的信心和勇气。宗教势力对进化论学者的打压，起码持续到19世纪80年代。一些新成立的、以科研为中心的世俗学校甚至都未能幸免。比如，康奈尔大学和霍普金斯大学都曾拒绝聘用过宗教思想不够正统的学者，康奈尔副校长甚至因为同情“异端”也遭到董事会解雇。然而，所有这些破坏学院内部和谐稳定的事件，也激起了各方的反弹。
此前，校长扮演着“造反者”的角色，但他们太容易屈服于董事会或宗教团体，因此，反抗的重任现在就由教师们承担起来。他们有的诉诸媒体，有的诉诸法院，还有人像萨姆纳那样求助于同行。教师们的不满此时正汇聚成一场运动。在抗争中，教师的地位也得到了提升。由于教师受雇于董事会，因而要服从董事会的决定。但是，董事会在反对进化论过程中犯下的错误，削弱了他们以往的威信。他们对进化论摇摆不定的态度令教授们感到不可理喻。同时，进化论危机产生的一个结果是：它把一群志趣相投的学者和教师团结在一起，各种学术团体随之成立，逐渐成为能与董事会抗衡，甚至取代董事会的新力量。除此之外，打击进化论的行为也引起了公众的极大反感。
范德比尔特大学的温切尔的教授素以温和虔诚著称，却被扣上了“具有反叛思想”的帽子，并遭到解职，这成了自由派反击宗教势力的导火索。《科普月刊》谴责了大学的行为，并将温切尔比作伽利略。公众的愤怒难以遏制，这是因为，在这个思想启蒙的新时代，任何对理性的压制都意味着倒退；而在这个社会进步的时代，倒退就是一种严重的犯罪。在进化论危机以前，开明人士已经抨击教派对学院财政和管理的把控，现在，人们则将教会视为科学发展与社会进步的敌人。
所以，他们不是反对宗教，而是反对宗教对世俗知识领域的干预。也就是说，进化论者抨击的是教权主义思想。具体说来又包含两个维度：一个是从科学专业角度出发，另一个涉及的是科学伦理问题。
在达尔文以前，教士实际上也关注科学问题，因为他们在新教精神的感召下，也需要用科学来维护教义的正统性。但是，进化论与正统思想的不可调和性，让反对进化论的教士逐渐失去了从事科
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